Presupuesto
El presupuesto de gastos de la SIECA está conformado por la contribución económica de cada Estado parte para el sostenimiento de la Secretaría, de conformidad con el artículo transitorio II del Protocolo de Guatemala. El aporte anual acordado por el Consejo de Ministros de Integración Económica (COMIECO) debe ser entregado a la SIECA por cada Estado Parte dentro de los primeros 4 meses de cada año.
Recursos humanos
Según el Reglamento Interno de la SIECA la estructura orgánica y la descripción de puestos de la SIECA es conforme al presupuesto asignado.
La estructura orgánica y la descripción de puestos están regulados en el Manual de Organización Administrativa. Este documento establece los niveles jerárquicos específicos de las dependencias de la SIECA, indicando funciones, responsabilidades, interrelación y los canales formales de comunicación que existen entre los distintos niveles y su personal.
Ética y conducta
El personal de la SIECA guarda el decoro, dignidad, responsabilidad, ética y confidencialidad, tanto dentro como fuera de la SIECA, incluyendo las misiones oficiales que se les encomienden. La actuación y comportamiento del personal de la Secretaría, se rige por el Manual de Ética y Conducta del personal de la SIECA.
Auditoría
La SIECA es auditada de forma externa e interna. A nivel externo es auditada por el Consejo Fiscalizador Regional del SICA. Asimismo, se realiza una auditoria anual por una firma externa e independiente. La Unidad de Auditoría Interna es la responsable de verificar el cumplimiento de las acciones de control necesarias para evaluar la gestión de la institución.
En el mes de julio de 2022, el Consejo Fiscalizador Regional del Sistema de Integración Centroamericana (CFR-SICA), emitió el informe sobre "Examen Especial de Auditoría del rubro de Bancos" de la Secretaría de Integración Económica Centroamericana -SIECA-por los períodos del 01 de enero de 2018 al 31 de diciembre de 2019 con opinión limpia
Adquisiciones y contrataciones
Todo lo relativo a las compras y contrataciones de bienes y servicios de la SIECA se regulan en el Manual de Adquisiciones y Contrataciones. En toda gestión que realiza la SIECA, prevalece la libre competencia por medio de concursos o licitaciones públicas, debidamente comunicadas e informadas, así como garantizando la transparencia y los intereses de la SIECA.